[Korvet]

да только что смотрел, сделали уже, завтра если останется переварю. На ВЭЖХ обычная ТГК картина, то есть конечно ни фига она не обычная для остальных соединений, а для ТГК так всегда бывает - Основной пик ТГК и много мелких пичков (от половины высоты этого пика до шума) чего-то изобарного, учитывая что окно поиска по массе 3ррм, что-то с такой же брутто-формулой как сам ТГК точно есть но это и всегда бывает для ТГК. сейчас осталось вколоть только TMS того что делали на ВЭЖХ...может этого интересного артефакта уже и не будет.

[Korvet]

переварили по той же методе, все исчезло...увы. кстати alexlp на самом деле артефакт на прошлой хроматограмме это 17,5 а вот 17,2мин это истинный ТГК - перепутал я вчера, сорри

ну во всяком случае всегда выходит имеено на этом месте, а 17,5 только вчера было...так что у Вас с "моделями" получалось не совсем так, или я чего не понял опять...

[макsим]

Уважаемые коллеги нужна ваша помощь.

На прошлой недели мы получили и запустили новый для нас прибор Agilent GC triple quad. Задача спайсы. Начали создавать базу даже по некоторым получили сопоставимые результаты. Но возникла проблема с а-PVP. разбиваем материнский 126 ион получали дочернии 96 и 84. но их интенсивность почемуто постоянно сильно плавает при одной и той же энергии соударений.
Пожайлуста подскажите что не так? может я гдето ошибся.

Спасибо!!!

[alexlp]

переварили по той же методе, все исчезло...увы. кстати alexlp на самом деле артефакт на прошлой хроматограмме это 17,5 а вот 17,2мин это истинный ТГК - перепутал я вчера, сорри

ну во всяком случае всегда выходит имеено на этом месте, а 17,5 только вчера было...так что у Вас с "моделями" получалось не совсем так, или я чего не понял опять...

Я Вам потом расскажу, как АМДИС модели для деконволюции строит. С картинками из этой хроматограммы...

[Korvet]

Я Вам потом расскажу, как АМДИС модели для деконволюции строит. С картинками из этой хроматограммы...

если сильно много, то не стоит напрягаться, я предпочитаю ручную обработку, хотя конечно кому-то наверняка будет полезно и интересно

[Korvet]

Уважаемые коллеги нужна ваша помощь.
Но возникла проблема с а-PVP. разбиваем материнский 126 ион получали дочернии 96 и 84. но их интенсивность почемуто постоянно сильно плавает при одной и той же энергии соударений.
Пожайлуста подскажите что не так? может я гдето ошибся.

Спасибо!!!

а Вы уверены что Вы каждый раз разбиваете именно его ПВП 126 ион? просто этот ион очень распространен в био-матрице, и осколки у него примерно одинаковые всегда почему-то. попробуйте сперва эксперименты с нативом. ну и еще если для ПВП строите мрм анализ, то обязательно еще выбрать какой-то род. ион хотя бы 105 или 189 (могу путать последний)...

вообще же поточный качетсвенный (скрининговый) анализ на гх-мс-мс глупость и чушь. амдис проще, быстрее и надежнее, но АМДИС это только гх-мс, без мс-мс. так что снимайте файлы в обычном режиме гх-мс, конвертируйте для амдис и вперед по накатанной. гх-мс-мс он для другого создан...

Сообщение отредактировал Korvet - 13.11.2014 - 17:31

[макsим]

а Вы уверены что Вы каждый раз разбиваете именно его ПВП 126 ион? просто этот ион очень распространен в био-матрице, и осколки у него примерно одинаковые всегда почему-то. попробуйте сперва эксперименты с нативом. ну и еще если для ПВП строите мрм анализ, то обязательно еще выбрать какой-то род. ион хотя бы 105 или 189 (могу путать последний)....

Все пробы используемые были качественно подтверждены амдисом на гхмс
Зачастую встает необходимость подтвердить присутствие в пробе пвп когда амдис не справляется с достаточной вероятностью. Методика разрабатывается под спайсы и в месте с ними часто бывает пвп. Для этого и нужно чтобы не перекалываться. Потоки проб большие.

[Korvet]

Все пробы используемые были качественно подтверждены амдисом на гхмс
Зачастую встает необходимость подтвердить присутствие в пробе пвп когда амдис не справляется с достаточной вероятностью. Методика разрабатывается под спайсы и в месте с ними часто бывает пвп. Для этого и нужно чтобы не перекалываться. Потоки проб большие.

Значит не везде был PVP....подтверждены амдисом Вы имеете в виду что совпадали "чищенный" спектр и библиотечный вплоть до последнего иона и разница RI по отношению к проколотому ранее стандарту была менее 5 единиц?во все остальное я как-то не верю...

поэтому все же желательно определиться с мс-мс фрагментацией имея чистое вещество.

еще раз повторю свою мысль: мс-мс хорош когда Вы знаете что ищете. настраиваете 2 лучше 3 МРМ перехода и отлавливаете конкретно ЭТО вещество на фантастически низком пределе. Но поскольку реально веществ очень много которые нужно искать, а толком стандартов нету ни на одно, то выстроить нормальный МРМ-метод очень сложно и плюс постоянно нужно будет следить чтобы не ползли времена, поскольку окошки у Вас будут для каждого вещества очень узкие...так что мой совет, работайте в режиме скан, как обычный гх-мс, и обрабатывайтесь амдисом...а вот если возникают сомнения по какой-то конкретной пробе, тогда уже можно ее переколоть в режиме например product ion по характеристичным ионам и глянуть их фрагментацию. скажем так AB-PINACA будет не настоящая если ион 215 из ее спектр не даст ион 145...Но отдельный метод для этого создавать....дело вкуса в общем...я и так и так пробовал, остановился на амдисе...

[макsим]

Значит не везде был PVP....подтверждены амдисом Вы имеете в виду что совпадали "чищенный" спектр и библиотечный вплоть до последнего иона и разница RI по отношению к проколотому ранее стандарту была менее 5 единиц?во все остальное я как-то не верю...

поэтому все же желательно определиться с мс-мс фрагментацией имея чистое вещество.

еще раз повторю свою мысль: мс-мс хорош когда Вы знаете что ищете. настраиваете 2 лучше 3 МРМ перехода и отлавливаете конкретно ЭТО вещество на фантастически низком пределе. Но поскольку реально веществ очень много которые нужно искать, а толком стандартов нету ни на одно, то выстроить нормальный МРМ-метод очень сложно и плюс постоянно нужно будет следить чтобы не ползли времена, поскольку окошки у Вас будут для каждого вещества очень узкие...так что мой совет, работайте в режиме скан, как обычный гх-мс, и обрабатывайтесь амдисом...а вот если возникают сомнения по какой-то конкретной пробе, тогда уже можно ее переколоть в режиме например product ion по характеристичным ионам и глянуть их фрагментацию. скажем так AB-PINACA будет не настоящая если ион 215 из ее спектр не даст ион 145...Но отдельный метод для этого создавать....дело вкуса в общем...я и так и так пробовал, остановился на амдисе...

Все это хорошо только как я понял masshunter не состекуется с амдисом. Это так или есть возможность конвертации?

[Korvet]

конечно есть, а тогда о чем бы я писал? меню файл, там экспорт, выбираете mzdata, определяетесь с путем, именем, пакетом файлов, далее файлы экспортируются в формат xml, понятный амдису, только при открытии файла в амдисе надо указать что расширение (формат) mzXML, и все...

[макsим]

конечно есть, а тогда о чем бы я писал? меню файл, там экспорт, выбираете mzdata, определяетесь с путем, именем, пакетом файлов, далее файлы экспортируются в формат xml, понятный амдису, только при открытии файла в амдисе надо указать что расширение (формат) mzXML, и все...

Спасибо. Завтра обезательно попробую. Будут вопросы отпишусь.

[Korvet]

устанавливайте teamviewer, я могу и показать что-то в таком случае...

[макsим]

конечно есть, а тогда о чем бы я писал? меню файл, там экспорт, выбираете mzdata, определяетесь с путем, именем, пакетом файлов, далее файлы экспортируются в формат xml, понятный амдису, только при открытии файла в амдисе надо указать что расширение (формат) mzXML, и все...

Спасибо все получилось!!!

У меня еще такой вопрос. У нас не редко в пробе амдисом интерпритируется XLR-11 M28 (-COO)degradant. Как правильно у таких соединений выбрать ион для MRM перехода. У него много интенсивных ионов 398, 316, 331 и тд. включая молекулярный 413. И вообще как правильно это делается?

Спасибо!!!

[Korvet]

самое правильное считается выбор для МРМ молекулярника. вообще полный алгоритм такой

1. смотрите мс-спектр, выбираете 2-3 самых интенсивных иона, желательно чтобы один из них был молекулярным. ну и желательно чтобы они характеризовали разные части молеклы. например 214 и 155 для жвх-018 и 341 в качестве молекулярного.

2. делаете эксперимент product ion для каждого иона. так как можно только 4 иона за раз цепелять, на одно вещество делаете 3 вкола, каждый раз смотрите новый ион на 4-х энергиях. то есть 1 анализ на 214 ион на 10,15,20,25 эв, второй анализ на 155 ион с теми же энергиями и т.д.

3. далее смотрите что у Вас получилось. например в спектре иона 155 самый интенсивный будет ион 127 при энергии 20эв, это и будет наш первый МРМ, в спектре иона 341 при 10 эв будет самый большой 214, при 25 ЭВ 144, это наши 2 и 3 переходы. ну а фрагментацию иона 214 оставим про запас!



конечно все цифры примерные я привел и они могут быть не такими на практике, это только пример!!!

[макsим]

самое правильное считается выбор для МРМ молекулярника. вообще полный алгоритм такой

1. смотрите мс-спектр, выбираете 2-3 самых интенсивных иона, желательно чтобы один из них был молекулярным. ну и желательно чтобы они характеризовали разные части молеклы. например 214 и 155 для жвх-018 и 341 в качестве молекулярного.

2. делаете эксперимент product ion для каждого иона. так как можно только 4 иона за раз цепелять, на одно вещество делаете 3 вкола, каждый раз смотрите новый ион на 4-х энергиях. то есть 1 анализ на 214 ион на 10,15,20,25 эв, второй анализ на 155 ион с теми же энергиями и т.д.

3. далее смотрите что у Вас получилось. например в спектре иона 155 самый интенсивный будет ион 127 при энергии 20эв, это и будет наш первый МРМ, в спектре иона 341 при 10 эв будет самый большой 214, при 25 ЭВ 144, это наши 2 и 3 переходы. ну а фрагментацию иона 214 оставим про запас!
конечно все цифры примерные я привел и они могут быть не такими на практике, это только пример!!!

Спасибо! будем пробывать