[Lady]

Здравствуйте.
Интересует кто что может хорошего/плохого сказать об этой системе и другим ей подобным. Насколько больше/меньше требует финансовых затрат, включая реактивы и обслуживание, в соотношении с ручным методом анализа.
На сайте производителя Сайт сказано, что это "анализ ПЦР по конечной точке". Правильно ли я понимаю, что это 2-в-1 - амплификатор+элетрофорезная? Или это только форез?

[smex]

Здравствуйте.
Интересует кто что может хорошего/плохого сказать об этой системе и другим ей подобным. Насколько больше/меньше требует финансовых затрат, включая реактивы и обслуживание, в соотношении с ручным методом анализа.
На сайте производителя Сайт сказано, что это "анализ ПЦР по конечной точке". Правильно ли я понимаю, что это 2-в-1 - амплификатор+элетрофорезная? Или это только форез?

На сайте написано, что разрешение этого аппарата 3-5 н.п. Разделить STRы на нем нельзя, можно оценить прошла ПЦР или нет. Посему, если у Вас нет секвенатора, то эта машинка Вам как телеге пятое колесо.

[Lady]

На сайте написано, что разрешение этого аппарата 3-5 н.п.

smex, спасибо, что Вы откликнулись, а то испросить некого. Представители фирмы ничего пояснить не смогли. У меня с английским туго, но я поняла, что 3-5 - это есть нижний порог чувствительности, т.е. можно и больше.

[Razum72]

Добрый день, коллеги. А если будет секвенатор, то какая тогда от нее польза?

[smex]

В культурной и богатой СМЭ лаборатории каждой железяке найдется применение и польза.
Эта железка может (судя по сайту) за 3 мин разогнать 96 проб с разрешением 3-5 нуклеотидов.
После чего некоторые пробы, где нет целевого продукта, можно на секвенатор уже не грузить.

[smex]

У меня с английским туго, но я поняла, что 3-5 - это есть нижний порог чувствительности, т.е. можно и больше

У кого с английским туго, поступаем так - берем кусок текста на непонятном английском и вставляем его в рамочку на translate.ru и нажимаем на кнопочку "перевести" и о чудо, на 75-80% все становится ясным и понятным.

[Lady]

Пришла официальная информация о данном приборе от представителя. Анализирует цепочки до 500 п.н., т.е для целей идентификации подходит. 3-5 это минимально для достоверного результата.
Цена данной системы для каждого региона предлагается своя, но в целом она под 2 млн. наших.

Razum72, если будет секвенатор, то пользы, наверно, от него никакой, ну если только в качестве запасного при позволяющих финансах. Хотя не вижу смысла в этом из-за постоянно совершенствующей техники. В моем бюро уже секвенатора не будет (на данном этапе неопределенности подчинения). Наше бюро исключили из программы модернизации с выделением большого количества денег, как только новость о федерализации судебной медицины пришла в департамент здравоохранения. Поэтому пытаюсь быть в курсе предложений рынка современной аппаратуры. Мало ли...

[Зубр]

Пришла официальная информация о данном приборе от представителя. Анализирует цепочки до 500 п.н., т.е для целей идентификации подходит. 3-5 это минимально для достоверного результата.
Цена данной системы для каждого региона предлагается своя, но в целом она под 2 млн. наших.

Razum72, если будет секвенатор, то пользы, наверно, от него никакой, ну если только в качестве запасного при позволяющих финансах. Хотя не вижу смысла в этом из-за постоянно совершенствующей техники. В моем бюро уже секвенатора не будет (на данном этапе неопределенности подчинения). Наше бюро исключили из программы модернизации с выделением большого количества денег, как только новость о федерализации судебной медицины пришла в департамент здравоохранения. Поэтому пытаюсь быть в курсе предложений рынка современной аппаратуры. Мало ли...

Разрешения в 3-5 нуклеотидов не достаточно, для анализа STR систем, которые сейчас применяются в судебной генетике в подавляющем большинстве. Фирма, занимающаяся в том числе разработкой приборов для судебной генетики, этот прибор рекомендует для других целей. Покупать за 2 млн рублей прибор (+ расходники) который не выполняет текущих задач - абсурд.
Удачи.

[Lady]

Разрешения в 3-5 нуклеотидов не достаточно, для анализа STR систем, которые сейчас применяются в судебной генетике в подавляющем большинстве. Фирма, занимающаяся в том числе разработкой приборов для судебной генетики, этот прибор рекомендует для других целей.

Здравствуйте, Зубр.
Я не поняла почему нельзя использовать этот прибор для идентификации, если он анализирует цепочки до 500 нуклеотидов? Неправильно воспринимаю смысл термина "разрешение"? (в моем понимании это минимальная цепочка, которую сможет "изучить" данная система). С какими целями можно эксплуатировать этот аппарат? ЗЫ Мой интерес к системе появился после того как случайно нашла его в брошюре фирмы с техникой, рекомендуемой для судебно-медицинских и криминалистических лабораторий.

[smex]

Я не поняла почему нельзя использовать этот прибор для идентификации, если он анализирует цепочки до 500 нуклеотидов? Неправильно воспринимаю смысл термина "разрешение"? (в моем понимании это минимальная цепочка, которую сможет "изучить" данная система).

Я, конечно, не Зубр, это имя принадлежит другому человеку давно и прочно -
Никола́ю Влади́мировичу Тимофе́еву-Ресо́вскому.
Однако, готов пояснить, что цепочки до 500 нуклеотидов - это ПЦР
продукты размером не более 500 нуклеотидов - что не превышает
микросателитные системы широко используемыме с середины 90-х
годов. А разрешение (resolution) означает разницу между фрагментами
какой длины может надежно детектировать данная система. Так как в
современной практике ДНК-идентификации ипсользуются тетрануклеотидные
повторы, то разрешение 3-5 нуклеотидов недостаточно для надежного
генотипирования. Этот прибор используется для быстрой оценки
наличия/отсутствия ПЦР продуктов нужной длины перед загрузкой
на секвенатор, у которого разрешение не 3-5 нуклеотидов, а "1 нуклеотид
для цепочек до 250 с 0.15 Стандартными отклонением; и 2 нуклеотида
между 250-350 основаниями с 0.3 Стандартным отклонением"

[Lady]

smex, спасибо за предоставленную информацию. Только, если скажу, что я до конца поняла о чем Вы написали в последних 3-х строчках, то совру. Уловила только общий смысл.
ЗЫ А Вы не молекулярный биолог? Мне бы литературу порекомендовать про основы ПЦР на языке попроще, а то только "тупо" про постановку знаю, используемую мною.