[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[Korvet]

да и вообще там этих метаболитов кажется как грязи...добротный образец...но эти два основные...

[alexlp]

да и вообще там этих метаболитов кажется как грязи...добротный образец...но эти два основные...

Отличный образец! Теперь ждем ТМС

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

На сайте NIST появилась прекрасная программка для автоматической оцифровки графических спектров http://chemdata.nist.gov/mass-spc/digitizer/
Описание - на читаемом английском.

Обновилась и AMDIS (Version 2.71, July 2012 Release).
NEW FEATURES

Depending on what version of AMDIS you have some of these may not be
new to you. The current version is 2.71.

Batch processing has been improved. It is now possible now to assign
different settings for the each task in the batch processing.

Support for eastern languages has been added. Names of the files will
be shown correctly, if the operating system is set to support the
language.

Support for the MZXML format is implemented. MZXML and MZDATA files
can be analyzed if the files include mass spectral information.

AMDIS can now process larger libraries. To aid in the clarity many
small changes in output names have been made. Additional calculations
for area are done. Many minor bug fixes have been introduced.

You can now search using only the reverse match
(Analyze/Settings/Identif/ check "Only reverse search"). In addition
SIM data is correctly processed (Analyze/Settings/Instrument select
SIM under instrument type. Be sure to indicate the scan direction)

It is possible to select a single ion for quantitation. In the Library
Compound Editor put the m/z value you want to use to get areas in the
box marked Ref. Ion. The program will then calculate the fraction of
the total ion current deconvoluted for a component that is associated
with this ion.

It is now possible to suppress the use of the TIC. For very complex
chromatograms this can be valuable. To do so, select Omit m/z in the
Analyze/Settings/Deconvolution and enter the value 0 for the mass.

Many minor improvements have been added and some bugs have been fixed.

Я бы отметил поддержку восточных языков, поддержку больших библиотек, возможность выбора только реверсивного поиска и отключение использования TIC в качестве модели (я так понял), что может быть полезно для very complex
chromatograms.

Попробуем...

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2013 - 08:45

[Korvet]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

[KSS17]

Здравствуйте!
2.71 большую библиотеку так и не переварил... Испытал на Вилей7.

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Обновлена очередная редакция сводной библиотеки SUDMED_767_NISTLIB_20131125 , SUDMED_767_AMDISTLIB_20131125.
Добавлены 11 спектров:
7 спектров по последнему постановлению 998:
1 MT-45
2 a-PVT
3 alfa-PVT
4 5-IT
5 AH 7921
6 AH-7921
7 5-IT
и
8 ADBICA
9 ADBICA-F
10 FUB_PB_22_M_OH_Me
11 Токоферол ацетат

Удалены 2 спектра первоначальной редакции (они были откорректированы и загружены повторно автором ранее)
AB-PINACA-M1 (COOH), methyl-
AB-PINACA-M1 (COOH), TMS-

Добавлены некоторые структурные формулы.

Обновлен сборник кастомных минибаз AMDISLIB_20131125.

Буду очень благодарен коллегам за предложения по редактированию содержимого сводной библиотеки на предмет удаления повторяющихся и не корректных спектров, дополнении библиотеки структурами *.mol, CAS номерами и индексами удерживания.

[alexlp]

Здравствуйте!
2.71 большую библиотеку так и не переварил... Испытал на Вилей7.

А через Search NIST Library... не пробовали?
Ну очень замечательная опция! К тому же можно подключать сразу несколько библиотек!

[KNIISE]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

Вроде открываются в MS Search

[alexlp]

спасибо! а что-то я все равно не могу открыть файлы от масс-хантера (MZXML format) в амдисе...кто нибудь это умеет делать?

Этот формат в списке доступных в меню Open присутствует. И не открывается? Выложите какой нибуть короткий файлик в этом формате.

Сообщение отредактировал alexlp - 25.11.2013 - 21:04

[RedPepper]

Этот формат в списке доступных в меню Open присутствует. И не открывается?

Возможно, в данном случае также, как и с raw-файлами от Thermo - пока не установишь Xcalibur, AMDIS их не открывает...

[Korvet]

коротких файлов данный формат не знает!
структура как и у CS, но файлов больше. какой открывать неизвестно...

[Deminolog]

А вот фигушки... У меня МассХантер стоит, но не открывает Амдис.
У меня похожая петрушка с Шимадзянскими файлами. Их Амдис вообще не открывал, пока в cdf не переконвертируешь...
Аджилент перехитрили самих себя, блин. Надо будет фирмачей пытать, чтобы рассказали, как с ними бороться

[alexlp]

файлов больше. какой открывать неизвестно...

Вот это и есть ключ к успеху! Надо найти нужный файл!
Как говорил незабвенный Паниковский:"Пилите, Шура! Они золотые!"
На самом деле файл с данными отыскать легко - по весу. Самых тяжелых - три:
MSPeak.bin
MSPeriodicActuals.bin
MSScan.bin
Но они не xml. И этот формат АМДИСу не известен.
Значит нужно экспортировать данные в формате xml, если такая возможность предусмотрены в ПО.

[RedPepper]

Есть подозрение, что ключевым может оказаться CSV-файл, но вообще можно попробовать по очереди открывать самим МассХантером файл за файлом (точнее, сначала все удалить из общей папки, а потом в неё по одному возвращать и пробовать открывать), чтобы определиться окончательно...

[alexlp]

Есть подозрение, что ключевым может оказаться CSV-файл, но вообще можно попробовать по очереди открывать самим МассХантером файл за файлом (точнее, сначала все удалить из общей папки, а потом в неё по одному возвращать и пробовать открывать), чтобы определиться окончательно...

В tic_front.csv однозначно записана хроматограмма по ПИТ. В нем пики невооруженным взглядом видно Но вот МС данные похоже в бинарниках...