[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[Korvet]

Изъят был 2201. 018 в нашел регионе еще не было.

у меня был обнаружен как 4-гидрокси (С4-цепочка, как жвх073), RI3270, так и 5гидрокси, как продукт дефторирования, RI=3394.6, то есть набор тот же самый что я видел и для АМ2201, угнетает то что не удается поймать метаболитов с фотором! а они описаны!

насчет прометилировать пока не знаю.

[alexlp]

А FAB144|5FAMB-TMS на 12.77й?

[alexlp]

...у меня был обнаружен как 4-гидрокси (С4-цепочка, как жвх073), RI3270,

А каким образом отваливается метильная группа? У АМ2201 разве есть такой метаболит? А у JWH018?

... угнетает то что не удается поймать метаболитов с фотором! а они описаны!
насчет прометилировать пока не знаю.

Приоритетное гидроксилирование по фтору - ожидаемо. А карбоксилирование, видимо, даже специфично для фторированных зверьков.
Как видно из ранее выполненных работ - любое моделирование, даже на животных, не вполне отражает реальные процессы метаболизма в организме человека при курении.

[alexlp]

Можно предположить деалкилированный метаболит, гидроксилированный в индазольный гетероцикл.
В библиотечку добавлены сконструированные спектры возможных деалкилированных метаболитов. Вот если бы извлечения почище и поконцентрированнее...

[Korvet]

каким образом отваливается гидрокси-метильная группа? а я почем знаю! для АМ-2201 был такой метаболит, и здесь есть...Вы же видите сами, в образце где АМ-2201 он тоже был (см. хроматограмму). а там был так сказать модельный эксперимент и не на опарышах вовсе...

А FAB144|5FAMB-TMS на 12.77й?

да-да, разноообразные образцы...кстати это смесь двух человек, у обоих на момент исследования клиники не было никакой, отсюда и низенька концентрация вероятно...

[Korvet]

Итак, вот результаты трудов наших лабораторных животных.

http://yadi.sk/d/ouFOmEOIHqGa2

две хроматограммы, там где название длиннее, там постарался почистить немного образец. как видим не очень вышло. немного о пробоподготвке. хотелось бы спросить совета как ее лучше проводить. ну очень грязные образцы получаются после этих экспериментов. Последний раз вообще делал с quechers, результат как видим не радует.

те пики, которые я бы принял за метаболиты на хроматограммах
13.77, 18.45 (похоже не просилированный гидрокси?), 16.27,17.030,18.56, 18.87, 20.02, 20.44, 20.62


в завершение хочу отметить что человеческая картина несколько отличается от опарышеной, спектром метаболитов, я выше приводил уже хроматограмму мочи и те вещества на ней которые точно являются метаболитами. так у опарышей нету карбокси, и почти не идет дефторирование, у людей наоборот, у опарышей активно внедряется ОН в углеводородный радикал, у человека такого не обнаружено, хотя я еще буду делать целево поиск в образах биосред человека. може чего и найду. наверняка есть еще метаболиты, по нафтилу, по индазолу, и пр...но что-то не могу понять как их искать...

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Очередной раз обновлена сборка сводной библиотеки SUDMED.
Она дополнена 19 новыми спектрами, в том числе наиболее актуальных теперь метаболитов FAB-144/5F-AMB, XLR11, THJ-2201, и всего теперь включает 836 спектров:
818 5F-AMB
819 FAB144 M (-COOH) TMS
820 5F-AMB # RCSYN-2
821 FAB-144 / 5F-AMB marker, metyl-
822 FAB-144 / 5F-AMB marker, TMS-
823 SDB-006
824 (E)-4-Chloro-N-(1-(4-nitrophenylethyl)piperidin-2-ylidene)sulfonamide
825 W-15
826 XLR11 M28 (-COOH) degradant TMS
827 XLR11 M28 (-COOH) degradan2cyclo Me
828 XLR11 M27 (-COOH) degradant Me
829 XLR11 M28 (-COOH) degradant Me
830 Naphthalene, 1-methoxy-
831 Silane, trimethyl(1-naphthalenyloxy)-
832 ???THJ-2201-COO-Me third proposal
833 ???THJ-2201-COO-Me second proposal
834 ???THJ-2201-COO-Me first proposal
835 THJ2201-M1 (5-OH) TMS
836 THJ2201-M5 (-COOH) TMS

Не все спектры реальные, т.к. еще не удалось получить метильные дериваты THJ-2201-COOH.
Вся надежда на вас, Коллеги! Публикуйте хроматограммы и спектры!
Эти сконструированные спектры помечены дополнительными знаками вопроса "???" и к ним следует относится предельно критично.

832 ???THJ-2201-COO-Me third proposal
833 ???THJ-2201-COO-Me second proposal
834 ???THJ-2201-COO-Me first proposal

Три варианта-предположения включают вариант фрагментации с потерей метильной группы (как в XLR11), метокси-группы или без потери таковых. Опыт покажет - как оно есть на самом деле.
Ранее, в октябре, аналогично был смоделирован спектр THJ-2201-COOH - TMS, и, как оказалось, весьма успешно.

Структуры добавленных соединений - тут:  sudmed_836_new_structures.pdf ( 16.26 килобайт ) Кол-во скачиваний:  433


Дополнительно включены спектры метильных и ТМС эфиров нафтола, который может быть обнаружен в экстрактах после гидролиза таких соединений, как FDU-PB22 и его производных.

Если вы выявили неточности, ошибки в спектрах - пожалуйста сообщите об этом или в этой ветке, или в ЛС.

Сообщение отредактировал alexlp - 16.02.2014 - 20:06

[KSS17]

Здравствуйте!

Уважаемые Коллеги!

Очередной раз обновлена сборка сводной библиотеки SUDMED.

Обновление будет выложено после внесения исправлений...

[hot_assay]

Здравствуйте!

Обновление будет выложено после внесения исправлений...

т.е. сейчас обновлённая библиотека недоступна для скачивания?

[alexlp]

т.е. сейчас обновлённая библиотека недоступна для скачивания?

Сейчас доступна версия SUDMED_817_AMDISLIB_20131228

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Хочу предложить вам библиотечку, созданную из Каймана и SWG путем отбора из них спектров метаболитов  saymanswg_methabolites_20140221.pdf ( 16.22 килобайт ) Кол-во скачиваний:  474

Для чего? Для поиска, например, гидроксилированных по алифатической цепи метаболитов каннабимиметиков при дериватизации тем, что эти гидроксилы не дериватизирует.

Предлагаю добавить эту библиотечку к сводной библиотеке SUDMED.

Пожалуйста, выскажите свое мнение!

[KSS17]

Здравствуйте!
Обсуждение идентификации метаболитов AM-2201 и THJ-2201 выделил в отдельную тему.
Ссылка

[alexlp]

Уважаемые Коллеги?

Иногда они возвращаются...

Наконец то (для нас) получили спектр гидроксилированного метаболита APINACA!
На картинке - хроматограмма ТФЭкстракта из кислотно-щелочного гидролизата, первая фракция(из кислой среды, с С18). Библиотечный спектр - сконструирован.
Интересна ли тема? Выкладывать ли еще материалы?

[Korvet]

конечно интересно!
надо же, как раз думал заняться этим веществом!

[alexlp]

конечно интересно!
надо же, как раз думал заняться этим веществом!

В аттаче - та хроматограмма и библиотечка со сконструированными упрощенными спектрами. (ПРИМЕНЯТЬ С ОСТОРОЖНОСТЬЮ! В библиотечке - только предположения! Возможны ошибки!)