[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[A58]

Боржоми, как говорится, коллега, пить уже поздно... где ж вы были уважаемый лет пять назад?

Да нет боржоми пить еще не поздно, Вы проявите активность в разделе "помогите с экспертизой" и "народ к Вам потянется".

[Tatarin_116]

Да нет боржоми пить еще не поздно, Вы проявите активность в разделе "помогите с экспертизой" и "народ к Вам потянется".

Спешу непременно, в т.ч. и с помощью по "систематизации" о которой пишет Корвет)))Улыбнуло в очередной раз)))

[A58]

Спешу непременно, в т.ч. и с помощью по "систематизации" о которой пишет Корвет)))Улыбнуло в очередной раз)))

Ну тогда , Вам лучше "тусоваться" в другом форуме.

[Tatarin_116]

Ну тогда , Вам лучше "тусоваться" в другом форуме.

Спасибо, непременно воспользуюсь Вашим, уважаемый А58, советом. К сожалению, наверное именно так

[alexlp]

Спешу непременно, в т.ч. и с помощью по "систематизации" о которой пишет Корвет)))Улыбнуло в очередной раз)))

Улыбчивый
Улыбнуло...

[Deminolog]

Коллеги, не нужно ссор и споров, все в одной лодке плывем (даже те, кто эту тему задевает лишь по касательной). Сколько людей - столько и мнений, а рассудит всех нас время, поэтому если уж и спорить - то только конструктивно.

Относительно переноса с ВЭЖХ-МС/МС на ГХ-МС - порой так и делают, это можно заметить в разных статьях (если необходимо - найду и сброшу). Правда, в этом случае надо бы очень внимательно отнестись к фрагментации.
Откровенно говоря, фракционирование метаболитов - это очень трудоемкий и, иногда, практически нереальный процесс... Но так как все понимают, что работать-то надо, то наличие МСВР, сопоставление данных и их корректная трактовка с ГХ-МС могут приниматься с оговоркой в конце: "несмотря на это для подтверждения полученных данных рекомендуется провести встречный синтез предложенных метаболитов или выделить необходимое количество из билолгических жидкостей". Статьи с подобными формулировками, думаю, видел каждый из Вас :-)

[Tatarin_116]

Уважаемые аксакалы форума и раздела "Аналитическая и судебная токсикология"!, а такжеА58 и alexlp. Если в чем-то из своих суждений не был толерантен, то приношу свои извинения... Надеюсь на дальнейшее продуктивное общение

Сообщение отредактировал Tatarin_116 - 21.10.2014 - 18:07

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Очередное пополнение библиотеки:

6 спектров метаболитов из Каймана:
1 AB-CHMINACA metabolite M1A
2 ADB-PINACA N-(4-hydroxypentyl) metabolite
3 ADB-PINACA N-(5-hydroxypentyl) metabolite
4 ADBICA N-(4-hydroxypentyl) metabolite
5 ADBICA N-(5-hydroxypentyl) metabolite
6 XLR11 6-hydroxyindole metabolite

3 спектра метаболитов-маркеров MDMB(N)-Bz-F (конфирмация ЖХМСВР):
7 MDMB(N)-Bz-F Marker TMS $#$ ADB-FUBINACA Marker TMS
8 MDMB(N)-FUB-M (COOH) TMS $#$ ADB-FUBINACA Marker TMS
9 MDMB(N)-Bz-F Marker PFP $#$ ADB-FUBINACA Marker PFP

Еще один спектр из Каймана:
10 ADB-FUBINACA

5 спектров из rf-des_drug_08.10.2014 :
11 α-PBP
12 1-phenyl-2-(pyrrolidin-1-yl)but-2-en-1-one
13 DMBA(N)-CHM
14 MDMB(N)-CHM
15 MMB(N)-Bz-F

Буду признателен за выявленные ошибки и не точности!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Наш уважаемый Коллега, Савчук Сергей Александрович, любезно предоставил в общее пользование библиотеки, ассоциированные с информационными письмами ННЦ Наркология, и уже известные, и применяемые в некоторых лабораториях.
Это библиотеки
sav50.msp и
SAV_TMSr4.msp.
Теперь они получают унифицированные наименования
pub_sav50_sudmed_464_amdislib_20141027 и
PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027.
Библиотеки доступны для свободного скачивания.
В скором времени часть спектров из этих библиотек будет включена в сводную библиотеку SUDMED.
Критерий отбора - синтетические дизайнерские наркотики и каннабимиметики.
Кроме того, вскоре в сводную библиотеку будут включены оригинальные спектры СК из библиотеки
PB_FUB_Chm_all_v8.msp
того же автора.

ЗЫ:Полагаю, что есть смысл эти библиотеки так же закрепить в топе.

[KSS17]

Здравствуйте!
Размещена библиотека мс-мс-спектров высокого разрешения SUDMED_lc-ms-ms от Korveta.

Состав пакета: файл SUDMED_lc-ms-ms.cdb - база данных масс-спектров соударений высокого разрешения в формате ПО MassHunter, включающая информацию о веществах и их структурах.

Библиотека включает спектры метаболитов, нативных веществ "дизайнерских наркотиков" наиболее часто встречающихся в практике химико-токсикологической лаборатории

В библиотеку вошли спектры опубликованные, в научных публикациях, а также спектры проверенные с помощью базы данных Broecker, Herre, and Pragst master forensic and toxicology accurate mass compound database with accurate mass MS/MS spectra.

[alexlp]

Состав пакета библиотек масс-спектров
SUDMED_NNCN_20141108 (13.47 мегабайт)

к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ
«ИДЕНТИФИКАЦИЯ НАРКОТИЧЕСКИХ И ПСИХОАКТИВНЫХ ВЕЩЕСТВ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ЖИДКОСТЯХ И ВОЛОСАХ МЕТОДОМ ГАЗОВОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СЕЛЕКТИВНЫМ ДЕТЕКТИРОВАНИЕМ»,
«ОБНАРУЖЕНИЯ МЕТАБОЛИТОВ СИНТЕТИЧЕСКИХ КАННАБИМИМЕТИКОВ В МОЧЕ ВОЛОСАХ И СЫВОРОТКЕ КРОВИ МЕТОДОМ ГАЗОВОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СЕЛЕКТИВНЫМ ДЕТЕКТИРОАВАНИЕМ»,
«ОБНАРУЖЕНИЕ СИНТЕТИЧЕСКИХ КАННАБИМИМЕТИКОВ, НАРКОТИЧЕСКИХ, ПСИХОАКТИВНЫХ ВЕЩЕСТВ И ИХ МЕТАБОЛИТОВ В МОЧЕ, ВОЛОСАХ И НОГТЯХ МЕТОДАМИ ЖИДКОСТНОЙ ХРОМАТОГРАФИИ С МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИМ ДЕТЕКТИРОВАНИЕМ»

адрес постоянного размещения пакета http://www.sudmed.ru/index.php?showtopic=6924

1. Cводная библиотека масс-спектров SUDMED_1465:
SUDMED_1465_NISTLIB_20141026 - библиотека в формате NIST Search
SUDMED_1465_AMDISLIB_20141026 - библиотека в формате AMDIS
SUDMED_1465_ACSLIB_20141026 - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)
SUDMED_1465_20141026_list.pdf - список содержимого библиотеки
Сводная библиотека включает 1465 спектров метаболитов преимущественно в виде триметилсилильных и метильных дериватов, включает многие рабочие структуры и линейные индексы удерживания.
В сводную библиотеку вошли спектры опубликованные для свободного использования в открытых источниках, в том числе в библиотеках CAYMANSPECTRALLIBRARY, SWGDRUG, rf-des_drug, pub_cann, на интернет ресурсе sudmed.ru, в научных публикациях.

2. SUDMED_LC-MS-MS.CDB - база данных масс-спектров соударений высокого разрешения в формате ПО MassHunter, включающая информацию о веществах и их структурах.
Библиотека включает спектры метаболитов, нативных веществ "дизайнерских наркотиков" наиболее часто встречающихся в практике химико-токсикологической лаборатории
В библиотеку вошли спектры опубликованные, в научных публикациях, а также спектры проверенные с помощью базы данных Broecker, Herre, and Pragst master forensic and toxicology accurate mass compound database with accurate mass MS/MS spectra.

3. PUB_SAV50_SUDMED_464_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 464 спектра наркотических и психоактивных веществ и их метаболитов в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;

4. PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 156 спектров ТМС-производных наркотических и психоактивных веществ и ТМС-производных их метаболитов в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;;

5. PUB_PB_FUB_CHM_ALL_V8_SUDMED_114_AMDISLIB_20141027 - библиотека включает 114 спектров синтетических каннабимиметиков (в основнов в виде ПФП и ТМС производных) в формате AMDIS с фиксированными временами удерживания (RTL) для колонок HP-5ms и VF-5ms (Agilent, 30 м Ч 0.25 мм Ч 0.25 мкм) соответственно к информационным письмам ННЦН. В библиотеку включены только практически значимые аналиты;


Составители и авторы библиотек масс-спектров:
Григорьев Андрей Михайлович (Белгород, СХО),
Катаев Сергей Сергеевич (Пермь, СХО),
Васильев Андрей Борисович (Чебоксары, РНД),
Мелентьев Алексей  Борисович (Челябинск, СХО),
Лабутин Андрей Валерьевич (Томск, КДЛ),
Печников Александр Леонидович (Салехард, СХО), 
Неверо Александр Сергеевич (Минск, ГКСЭ),
Шитов Леонид Николаевич (Ярославль, ХТЛ),
Шевырин Вадим Анатольевич (Екатеринбург, БЭКО УФСКН),
Гофенберг Мария Александровна (Екатеринбург, КДЛ),
Мелкозеров  Владимир Петрович (Екатеринбург, ЭКЦ МВД),
Снятков Александр Валерьевич (Владимир, СХО),
Колосова Мария Викторовна (Красноярск, КДЛ),
Самышкина Наталья Васильевна (Новый Уренгой, КДЛ),
Малышкина Анна Павловна (Ноябрьск, КДЛ),
Ризванова Лилия Наджиповна (Нижневартовск, КДЛ),
Подоленко Елена Викторовна (Сургут, КДЛ),
Джурко Ю. А. (г.Ярославль, СХО).

Составитель-редактор SUDMED_1465: Печников А.Л. [email protected] (Салехард, СХО), 

Составитель-редактор SUDMED_LC-MS-MS: Лабутин А. В. [email protected] (Томск, КДЛ)

Составитель-редактор SAV50/SAV_TMSR4/PB_FUB_CHM_ALL_V8: Савчук С. А. (Москва, ННЦН)

Сообщение отредактировал alexlp - 13.11.2014 - 21:30

[Korvet]

ТМС-метаболит (пробирочная версия) MDMB-BZ-F (с друзьями)

если уже было пардон за повтор

[alexlp]

ТМС-метаболит (пробирочная версия) MDMB-BZ-F (с друзьями)

если уже было пардон за повтор

А пробирочная - это с цитохромами? А где взяли?

[Korvet]

да, очень распространенный вид цитохром, 10н КОН называется...

пробирочная имеется в виду из нативки с минеральным гидролизом!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Проект SUDMED продолжает развиваться.
После серии проб и ошибок, как будто, получилась неплохая объединенная сборка.
В нее вошли 695 спектров из библиотек последнего пакета:
1. PUB_SAV50_SUDMED_464_AMDISLIB_20141027
2. PUB_SAV_TMSR4_SUDMED_156_AMDISLIB_20141027
3. PUB_PB_FUB_CHM_ALL_V8_SUDMED_114_AMDISLIB_20141027
плюс еще два спектра метаболитов MDMB(N)-2201.

Библиотеки включены в авторской редакции.
Из сборки удалены все повторения, и она похудела по сравнению с первоисточниками на 85 спектров.

Так же появился файлик-инструкция по установке библиотек ReadMe.txt следующего содержания:

Установка пакета библиотек SUDMED_2116
Сперва распакуйте архивы в какую-либо папку.
Затем:
1. Содержимое архива SUDMED_2116_AMDISLIB_20141120.zip скопируйте в папку C:\NIST11\AMDIS32\LIB (там по умолчанию хранятся библиотеки AMDIS) или в папку c:\Database (как Вам удобнее).
Затем следует установить эту библиотеку в АМДИС, для этого откройте Analyze|Setting и выберите вкладку Libr. Затем выделите Target Compaunds Library и нажмите кнопку Select New. Выберите SUDMED_2116_AMDISLIB_20141120.MSL (или перейдите сперва в ту папку, в которую Вы поместили библиотеку, и затем выберите ее);

2. Содержимое архива SUDMED_2116_ACSLIB_20141120.zip скопируйте в папку c:\Database.
Установите эту библиотеку в ваш метод хемстанции. Для этого в Enhanced Data Analysis откройте Spectrum|Select Library, нажмите Browse и выберите SUDMED_2116_ACSLIB_20141120.L;

3. Содержимое архива SUDMED_2116_NISTLIB_20141120.zip скопируйте в папку C:\NIST11\NISTSEARCH.
Возможно у Вас папка NIST11 называется по иному, например NIST14 или NIST08.
Установите эту библиотеку, для этого в программе NIST MS Search откройте Option|Library Search Option, затем выберите вкладку Libraries, в окне Available Libs выберите SUDMED_2116_NISTLIB_20141120 и нажмите >>Add>>.

Обращаю ваше внимание, что пакет библиотек масс-спектров SUDMED_NNCN_20141108 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ остается на прежнем месте и продолжает оставаться, на сегодня, легитимным источником, на который и следует ссылаться.

Сводная библиотека SUDMED продолжает свое развитие и, по мере выхода новых постановлений Правительства, новые версии SUDMED будут включаться в новые версии информационных писем, как и предусмотрено решением прошедшего Семинара.

PS: В связи с ограничением на размер прикрепляемых файлов пришлось убрать из постоянной раздачи архив исходных малых библиотек. Но по запросу он всегда может быть предоставлен или загружен по ссылке https://www.dropbox.com/s/gt5iib0eepmplba/A...141108.zip?dl=0