[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[alexlp]

TSCA (Toxic Substances Control Act) MS Database for Non-Targeted Species
TSCA database in NIST format

Важный момент: это безспектральная библиотека.
This “spectra-less” database in NIST binary format contained names, CAS Number, molecular weights, and molecular formulae. We refer to this type of database as “spectra-less” because it contains no computer-searchable EI or CID mass spectra.
В ней нет спектров - только имена, CAS Number, молекулярные массы, и молекулярные формулы!

[KNIISE]

Не вчитался, не проверил - и провтыкал

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Во первых - от всей души поздравляю вас с наступившим Новым, 2015, годом! Желаю всем Мира, Здоровья, Счастья!

Небольшое новогоднее добавление из библиотеки rf-des_drug_05.12.2014 (от уважаемого Nayk), и оцифрованные спектры из рассылок DigiLab (оцифровал уважаемый Korvet):

1 N-(1-Amino-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)-1-(5-fluoropentyl)-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide
2 Quinolin-8-yl 1-(5-fluoropentyl)-5-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylate
3 Despropionyl-2-fluorofentanyl
4 EG-018
5 QCBL(PPh-F(N))-2201
6 N,N Dimethyl-3,4-methylenedioxyamphetamine
7 DMBA(PPh-F(N)invert)-2201

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Выражая благодарность уважаемой Marko, выявившей ошибки в наименованиях синонимов, внес необходимые исправления: заменил MDMB на MDMB(N) в синонимах следующих позиций:

1 ADB-CHMINACA marker 2TMS-
2 ADB-CHMINACA marker TMS-
3 MDB-CHMINACA TMS-
4 MDB-CHMINACA

Вот история появления названий этих структур:
http://www.sudmed.ru/index.php?showtopic=2...;p=193773&#

Небольшие пояснения к правилам наименования структур каннабимиметиков:
Если используем номенклатуру белорусов и наших силовиков, то исходной структурой считаются JWH-018 или AM-2201, и в названии отмечаются отличия от базовой структуры. Индазольное ядро, в этом случае, обозначается через (N), заместители в 1 положении - 2201 (для для фторпентильного радикала), CHM (для циклогекилметильного радикала) и Bz-F (для фторбензильного радикала).
По международной номенклатуре индазольный скелет учитывается по иному, через INA в названии:
CHM - цикологексилметильный радикал
INA - индазол
CA - карбоксамид
Все вместе получается - CHMINACA.

Поэтому одно и то же соединение в двух разных номенклатурах будет писаться по разному:
MDMB(N)-CHM по нашему,
MDMB-CHMINACA - по международному.

Т.е., когда используется CHM(или Bz-F или 2201) - обязательно использование (N) для обозначения индазола, а когда используется CHMINACA (или FUBINACA или PINACA), то использовать (N) не нужно, т.к. индазол уже обозначен.

Абревиатура MDB не прижилась в употребимом обиходе и сохраняется пока как артефакт для истории (а история творилась нами же на наших глазах ).

Текущая версия библиотеки изменила только дату:
SUDMED_2125_****LIB_20150106

Приношу извинения Коллегам за выявленные ошибки и буду благодарен за выявление других ошибок и не точностей!

Сообщение отредактировал alexlp - 10.01.2015 - 02:02

[RedPepper]

По международной номенклатуре...

???
" ... the structure of compound 1 was finally determined as N-(1-amino-3-methyl-1-oxobutan-2-yl)-1-pentyl-1H-indazole-3-carboxamide and we named it AB-PINACA (Fig. 1)" (с)

[RedPepper]

Я к тому, что:
международная номенклатура ≠ "we named"
международная номенклатура = IUPAC

[alexlp]

Я к тому, что:
международная номенклатура ≠ "we named"
международная номенклатура = IUPAC

Несомненно - IUPAC это наше все!
Целью поста было пояснить, что такое (N), и почему в одном случае оно пишется, а в другом - не пишется.
Я понимаю, что существует систематическая и тривиальная номентклатура.
И та , и другая, может быть как международно общепринятой, т.е понятной во всех странах, так и региональной ( например систематические наименования в списках ПП не всегда являются эквивалентом IUPAC наименований, записанных кириллицей).
Я предпринял некоторое упрощение, обозначив междунородно-тривиально-систематическую номенклатуру просто международной. Впрочем, я упустил "тривиально-систематическую" и применительно к нашей, региональной номенклатуре.
ИМХО.

[RedPepper]

Считаю, что используемые нами (придуманные японцами, россиянами, белорусами и т.д.) сокращённые названия (аббревиатуры) - это не более, чем тривиальные названия, которые необходимы, в первую очередь, для того, чтобы облегчить работу людям, далёким от химии - следователям, судьям, адвокатам и т.д. (причём, ИЗНАЧАЛЬНО по статусу наши аббревиатуры ничем не "круче" бренд-неймов, сотнями придумываемых обычными наркобарыгами и наркоманами!).
Международными тривиальные названия, как мне думается, могут стать только после того, как они будут внесены в ОФИЦИАЛЬНЫЕ списки подконтрольных веществ нескольких стран (т.е. будут признаны на ОФИЦИАЛЬНОМ уровне).
В связи с этим, в моём понимании, использование этих аббревиатур в процессуальных документах (в частности, в заключении эксперта) должно быть закреплено юридически, чтобы ЛЮБОЙ мог найти ОФИЦИАЛЬНЫЙ ИСТОЧНИК с расшифровкой сокращённых наименований - в Беларуси, например, ВСЕ используемые экспертами тривиальные названия прописаны непосредственно в Республиканском перечне подконтрольных наркотиков.
Поэтому, думаю, нужно быть осторожнее при использовании таких слов, как "номенклатура", "международная" и т.п. IMHO

[alexlp]

.. в Беларуси, например, ВСЕ используемые экспертами тривиальные названия прописаны непосредственно в Республиканском перечне подконтрольных наркотиков.

Пример - достойный подражания!

Поэтому, думаю, нужно быть осторожнее при использовании таких слов, как "номенклатура", "международная" и т.п. IMHO

Междунаро́дный язы́к — язык, который может быть использован для коммуникации значительным количеством людей по всему миру.

Номенклату́ра (от лат. nomenclatura — роспись имён, перечень, список):

Научная номенклатура — совокупность названий, употребляемых в какой-либо отрасли науки для обозначения объектов изучения (в отличие от терминологии, содержащей также обозначения отвлечённых понятий и категорий)

Хими́ческая номенклату́ра — совокупность названий индивидуальных химических веществ, их групп и классов, а также правила составления этих названий.

Тривиа́льное название (от латинского trivialis, дословно — «находящийся на перекрестке трёх дорог», «уличный»; первоначальное значение слова заимствовано из французского языка, где имело значение «пошлый», «опошлённый») — обиходное название какого-либо предмета или явления, отличное от принятого в научной номенклатуре.

Тривиальные названия распространены в двух областях знаний — химии и биологии. Они появились до введения номенклатуры, регламентирующей наименование объектов в соответствии с молекулярной структурой, химическим составом или филогенетическими связями между живыми организмами. Исторически тривиальные названия применялись для обозначения веществ, используемых в практической деятельности, и их названия отражают не химическое строение, а внешний вид или специфические свойства именуемых объектов. Многие тривиальные названия введены алхимиками. Они могут иметь разный смысл в различных промышленных областях или регионах.

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

В библиотеку добавлены новые спектры PFP дериватов трех метаболитов AB-CHMINACA / MMB-CHMINACA, любезно предоставленные уважаемым A58 :

1 AB-CHMINACA M3, 2PFP ### MMB-CHMINACA M3, 2PFP
2 AB-CHMINACA-M2 (3-COOH) PFPOH ### MMB-CHMINACA-M2 (3-COOH) PFPOH
3 AB-CHMINACA-M3 (COOH, HO-) isomer3 PFPA+PFPOH ### MMB-CHMINACA-M3 (COOH, HO-) isomer3 PFPA+PFPOH
4 AB-CHMINACA-M4 (3-COOH, HO-) PFPOH+PFPA ### MMB-CHMINACA-M4 (3-COOH, HO-) PFPOH+PFPA

Основные названия приведены в нотации международно-тривиальной номенклатуры.
В нотации белорусско-российской тривиально-систематической номенклатуры эти названия будут выглядеть так:
MBA(N)-CHM / MMB(N)-CHM

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

Сообщение отредактировал alexlp - 18.01.2015 - 17:06

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Обнаружилась очень интересная особенность форматов MSP и MSL:

При конвертации библиотеки из НИСТ в MSP сохраняется информация о синонимах. Если в АМДИС вести поиск по библиотеке MSP, то эта информация остается доступной через кнопку Info и затем кнопку View и затем выбора режима отображения - Text. (см. прилагаемую картинку).
Это во многих случаях может быть удобно и полезно.
К сожалению, при конвертации MSP в MSL информация о синонимах теряется...

В случае же, если библиотека изначально создавалась в АМДИСе, и информация о компаунде (синонимы, хим.названия) была внесена через кнопку Compaund, эта информация уходит во второй файл с расширением CID и становится недоступной при конвертации в НИСТ.

Вот такие причуды конвертаций! (респект KSS17!)

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

В библиотеку добавлены новые спектры из статьи http://www.sudmed.ru/index.php?act=Attach&...st&id=17996, а так же то, что в статью не вошло: метаболиты 5-фтор AB-PINACA, в основном, в виде метиловых и ТМС эфиров (Респект уважаемому KSS17!).

1 5-Fluoro AB-PINACA M1 (marker), methyl-
2 5-Fluoro AB-PINACA M1, bisTMS-
3 5-Fluoro AB-PINACA M1, PFPA/PFPOH # 5F-AMB M1, PFPA/PFPOH
4 5-Fluoro AB-PINACA M1, TMS
5 5-Fluoro AB-PINACA M2 (3-COOH), methyl-
6 5-Fluoro AB-PINACA M2 (3-COOH), TMS-
7 5-Fluoro AB-PINACA M3 (Alk-COOH), dimethyl-
8 5-Fluoro AB-PINACA M3 (Alk-COOH), diTMS
9 5-Fluoro AB-PINACA M4 (-F, Alk-COOH), Me
10 5-Fluoro AB-PINACA M4 (-F, Alk-COOH), Me, bisTMS
11 5-Fluoro AB-PINACA M4 (-F, Alk-COOH), Me, N-TMS
12 5-Fluoro AB-PINACA M5 (-F, Alk-5-OH), methyl-
13 5-Fluoro AB-PINACA M5, (-F, Alk-OH), bis-TMS
14 5-Fluoro AB-PINACA M5, (-F, Alk-OH), PFPA/PFPOH
15 5-Fluoro AB-PINACA M6 (Alk -OH), methyl-
16 5-Fluoro AB-PINACA M6 (Alk-OH), Me, TMS, isomer 1
17 5-Fluoro AB-PINACA M6 (Alk-OH), Me, TMS, isomer 2
18 5-Fluoro AB-PINACA M6.2, diTMS
19 5-Fluoro AB-PINACA M6.2, methyl-, acetyl-
20 5-Fluoro AB-PINACA M7.1 (Ar-OH), dimethyl-

Все спектры дополнены структурами (в НИСТе) и синонимами в нотации международно-тривиальной и белорусско-российской тривиально-систематической номенклатуры.

Что бы воспользоваться синонимами в АМДИСе рекомендую использовать MSP версию библиотеки.

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

Сообщение отредактировал alexlp - 28.01.2015 - 19:20

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Хотелось бы составить представление о том, кто пользуется библиотекой SUDMED и в каком объеме? Если вас не затруднит, не могли бы вы дать такую информацию через личные сообщения мне?

Заранее благодарен!

[pek]

Подскажите коллеги: у меня поставлена задача, предоставить хроматограмму с изменениями по времени одного и того же вещества (например героин). т.е. сделать каждый месяц или год по одному и уже объединить потом полученные графики на одном (для наглядности) может есть у кого готовое и чтото подобное?

[chemist-sib]

чтобы ускорить процесс "старения" - поднимите температуру, влажность и освещенность - типа, климатической камеры. иначе можете "до пенсии не успеть"