[alexlp]

Давайте выкладывать свои мини-базы в общий доступ! Cвободное ПО и открытые исходники - Это путь прогресса!
Cтоит указывать для каких ПО библиотеки: Эджилент, Финниганматт, Шимазу, поисковик АМДИС, и т.д.
Очень желательно сжатие свободным алгоритмом zip (например с помощью 7zip).

Загрузить полный пакет библиотек вы можете как со страницы форума, так и с нового сайта проекта http://sudmed-ms.my1.ru/

SUDMED_NNCN_20141108.zip - Пакет библиотек масс-спектров 1.1 к информационным письмам ФГБУ ННЦ НАРКОЛОГИИ

sudmed-ms_2832_amdislib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку MSP, которые выкладывались в этой ветке.

sudmed-ms_2832_nistlib_20191231.zip - все маленькие кастомные базы собранные в одну библиотеку сконвертировую в НИСТсёчь.

SUDMED-MS_2832_ACSLIB_20191231.L.zip - библиотека в формате хемстанции (Agilent ChemStation)

sudmed-ms_2832_MSHUNLIB_20191231.mslibrary - библиотека в формате Agilent MassHunter

sudmed-ms_2832_lib_20191231.pdf - индексный список содержимого библиотеки

SUDMED-MS_2832_LIB_20191231_new.pdf - сведения об обновлениях

SUDMED_MS_SETUP.pdf - инструкция по установке библиотек SUDMED-MS

Сообщение отредактировал KSS17 - 1.01.2020 - 18:35

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Очередная сборка сводной библиотеки SUDMED_2231_LIB_20150714 дополнена спектрами из библиотеки rf-des_drug_10.07.2015:

1 5-Fluoro AB-PINACA M2 (3-COOH), TMS-
2 PX-Bz-F ### [NOT CONFIRMED]
3 AB-CHFUPYCA
4 MDMB-CHMICA
5 MDMB-CHMINACA

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Очередная сборка сводной библиотеки SUDMED_2242_LIB_20150805 дополнена спектрами дериватов хелиамина и металлилескалина, представленными уважаемым KSS17:

1 Methallylescaline # (2-{3,5-dimethoxy-4-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}ethyl)amine
2 Methallylescaline N-acetyl- # N-(2-{3,5-dimethoxy-4-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}ethyl)acetamide
3 Methallylescaline N-propionyl- # N-(2-{3,5-dimethoxy-4-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}ethyl)propanamide
4 Methallylescaline, PFP- # N-(2-{3,5-dimethoxy-4-[(2-methylprop-2-en-1-yl)oxy]phenyl}ethyl)-2,2,3,3,3-pentafluoropropanamide
5 Methallylescaline, TMS ### [NOT CONFIRMED]
6 Heliamine # 6,7-dimethoxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
7 Heliamine artefact # 6,7-dimethoxy-3,4-dihydroisoquinoline
8 Heliamine N-acetyl- # 2-acetyl-6,7-dimethoxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
9 Heliamine, N-methyl- # 6,7-dimethoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
10 Heliamine, N-propionyl- # 6,7-dimethoxy-2-propionyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline
11 Helianime, PFP # 6,7-dimethoxy-2-(2,2,3,3,3-pentafluoropropanoyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline

Буду благодарен Коллегам за выявленные ошибки и не точности!

[alexlp]

Уважаемые Коллеги!

Начался процесс государственной регистрации баз данных: уже зарегистрированы библиотеки EKBDRUGS и RFDESDRUGS.
Собственно вопрос: не пришло ли время провести эту процедуру и для SUDMED?

[Korvet]

а что это дает? кроме "статуса"....

[alexlp]

а что это дает? кроме "статуса"....

Только статус официальной публикации и защита прав авторов.

[Гермиона]

Время пришло "еще вчера"...
Что для этого надо сделать?

[Deminolog]

Поддерживаю. Это действительно надо сделать. Статус нужен... К сожалению, принцип "без бумажки - ты букашка" никто не отменил. Поэтому несмотря на то, что сообщество и без статуса ценит и знает, что это за труд, нужно сделать так, чтобы никакой юрист не докопался.

[Korvet]

сделать так, чтобы никакой юрист не докопался.

я конечно не юрист, но на месте юриста я бы:

1. продемонстрировал пакет документов, который нужен для создания базы (где там экспертная оценка адекватности данных)
2. создал бы подобную базу и также бы ее зарегистировал для демонстрации фиктивности этого процесса...(с точки зрения адекватности данных)

имхо, не надо путать копирайт и научность....в наше время такие вещи патентуют, что волосы дыбом встают...если мы беспокоимся что суд-мед-либ кто-то завтра начнет продавать и делать деньги, то оно конечно да, это надо...а больше-то для чего?

[Korvet]

Только статус официальной публикации и защита прав авторов.

а может стоит сдделать просто нормальную публикацию на эту тему, где будет описан процесс внесения в БД и док-ва стр-р. сделать доклад-анонс на эту тему 6-7 числа....лучше уж публикация чем просто статус от нее...

[Deminolog]

Да, патентное право сейчас - это просто тихий ужас... Можно хоть ковырялку в носу механическую запатентовать, было бы желание.
Насчет экспертной оценки адекватности данных - если это рецензия - нет проблем, эта база, думаю, её выдержит достойно. Если речь идет о том, что на каждый спектр должен быть отснятый CRM - это уже фантастика, причем не только для нас...

[Korvet]

а что такое отснятый CRM?
я думаю что Nayk пояснит, как прошедший эту процедуру возможен ли такой вариант, что допустим кто-либо завтра создаст продукт который будет называться скажем wide_word_des_drag, и где будут совершено левые спектры, возможно ли будет на такой продукт получить этот патент?...скажет ли кто-либо в ходе этой процедуры: "позвольте, а у метоксетамина, совсем иной спектр описан в этой, этой и этой статье"....

это один момент. а второй момент: а как быть с обновлением?

[Гермиона]

Мы, к сожалению, в работе часто бываем вынуждены соблюдать формальности.
Например, при проведении тех же ХТИ для медосмотров - понятно же, что иммунохроматография не охватывает весь спектр НС. Но формально - мы ничего не нарушаем, и всегда можем сослаться на документ, где об этом сказано.
Так же и с библиотекой масс-спектров. Пусть будет патент, возможно с учетом последующих обновлений (как, интересно это делается за рубежом?), на который, в случае чего, можно сослаться.
Так же, как удобно ссылаться на информационные письма ННЦ "Наркологии", когда спрашивают: "Где это сказано, что надо делать ИМЕННО ТАК". Не приходится вспоминать названия учебников и древних методических рекомендаций, где даже метод хромато-масс-спектрометрии не отражен.

[alexlp]

Что касается гос. регистрации - это позволяет считать представляемые в библиотеке данные официальной публикацией и защищаются права авторов. Понятно, регистрация ни в какой мере не означает какую-либо оценку качества содержимого. Что касается названия библиотеки, оно не модифицируется: название заявлено одно EKBDRUGS. Добавленные цифры означают лишь номер версии, обозначение обновления, а не смену названия. Кроме того, в реферате на БД указано, что она является постоянно пополняемой, так что нет никакой необходимости постоянно перерегистрировать и никаких проблем с обновлением. Оно является такой же частью EKBDRUGS.

[Korvet]

если понятно, что регистрация ни в какой мере не означает какую-либо оценку качества содержимого., тогда я не понимаю ради чего сыр-бор.

вот Гермиона ратует за то что было на что сослаться, правильно делает. Только патент это другое. Патент это такой вид интеллектуальной собстстенности. Вот я завтра запатентую метод определения НС с помощью кофейной гущи, это будет характеризовать только две вещи

1. размер тараканов в моей голове
2. то что никто больше не вправе предлагать что-то подобное.


И потом с чего мы решаем что это позволяет считать представляемые в библиотеке данные официальной публикацией

Потому что Вадим так сказал? а где об этом написано официально?

официальные публикации вообще-то тоже разные бывают. можно конечно радостно публиковаться в каком-нить "листке ново-гадюкино", а можно публикацию в FSI сделать....и то и другое публикация в общем-то....что бы мы выбрали?

[Deminolog]

CRM - сертифицированный референсный материал. Классная штука, только стоит, как чугунный мост, если мы говорим о матрицах разных и т.д.. Но ими пользуются при разработке методик и т.д.. Но об этом сейчас не будем, вопрос больной.

Относительно спектров - как насчет такого: да, действительно, спектр немного отличается от библиотечного. Это обусловлено тем, что для повышения информативности спектра сознательно допущена дискриминация верхнего диапазона масс с целью повысить информативность и интенсивность пиков в низком диапазоне, что позволяет провести более надежную идентификацию, основываясь не только на масс-спектре, но и индексах удерживания. При этом искажение спектра не является критичным и позволяет достаточно однозначно читать и интерпретировать полученный масс-спектр, поскольку радикального вмешательства в условия детектирования допущено не было, что позволяет избежать искажения полученных данных. Кроме того, вид масс-спектра сильно зависит не только от типа масс-анализатора (например, спектры, полученные с использованием ионной ловушки могут серьезно отличаться от спектров, полученных с использованием квадруполя), но и от архитектуры масс-спектрометра. Так, даже в международных регламентах, например, ВАДА, допускаются серьезные погрешности в измерении относительных интенсивностей пиков в масс-спектре.

А по поводу обновлений - согласен, можно легко прикрыться фразой о постоянном обновлении базы. :-)